MSX-DOS version 2 (以下MSX-DOS2またはMSX-DOS)はMSX-DOS version 1.xx(以下MSX-DOS1)と同様、複数のディスクファイルで供給されます。ディスクファイルはMSXDOS2.SYS、COMMAND2.COM、およびヘルプファイル、外部コマンドからなります。
MSXDOS2.SYSは機能が強化されたCP/Mコンパチブルな環境で、プログラムをロードおよび実行します。COMMAND2.COMは特殊なプログラムで、MS-DOSやMSX-DOS1のものと同様の機能があり、しかも拡張されたメモリの管理を実現するなど、より優れた数々の高度なコマンドや機能を提供します。
また、MSX-DOS2はMSX-DOS1用に記述されたプログラムや大部分の標準的なCP/Mのプログラムをロード・実行することができ、引数を使用するバッチファイルや、MS-DOS 2.11互換ファイルシステムをサポートし、MS-DOSと同様の他の機能を実現します。
さらに、APPEND機能が提供されており、階層ディレクトリを扱うように作成されていないCP/Mのプログラムで、階層ディレクトリが簡単に使用できます。